NCBI下载sra数据(银河国际点击登录新)

2020-01-06 03:44 来源:未知

  后日要上NCBI下载sra数据开采并未有下载的链接,网络查开采都以老的格局,NCBI页面已经济体校订,于是看了NCBI的help,何况记录下来新版的sra数据下载方式,要用NCBI的工具SRA Toolkit。此外咨询师兄,总计获得新的wget下载的办法。

方法1 NCBI告知的措施(中断无法三回九转下载)

  • 下载SRA Tookit
    https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software;点击software,选用供给的sra银河国际点击登录, toolkit版本进行下载
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下载后一贯解压到有个别钦点地点

  • 搜索SRA并获取accesion list
    在NCBI sra页面(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra卡塔尔国输入登录号%E8%BE%93%E5%85%A5%E7%99%BB%E9%99%86%E5%8F%B7卡塔尔国( accession number 卡塔尔国进行搜索;展现找寻结果如下
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    那边体现的是该project下的有着数据,点击二个,踏入sra数据界面
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    这里点击1GB(数据大小State of Qatar的链接,走入下载分界面
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    再点击Accesion List 下载 Accesio List

  • 选用SRA Tookit 的prefetch举行下载
    prefetch 放在sratoolkit文件夹下的bin

     ~/utilities/sratoolkit.2.8.2-1-centos_linux64/bin/prefetch --option-file SRR_Acc_List.txt
    

      sra数据会下载到家目录下的ncbi/public/sra中,perfetch 默许aspera下载(假诺存在于处境变量,不然使用https下载),也可设置aspera,Ex:prefetch -t ascp -a "/opt/aspera/bin/ascp|/opt/aspera/bin/asperaweb_id_dsa.openssh" --option-file file.txt; file.txt 格式为每生龙活虎行二个S宝马X3传祺#,能够动用下载分界面包车型客车RunInfo table下载的文本
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    更详细情况的请查看prefetch 支持:

方法2使用wget 下载

以下是NCBI 存放SRR5483089的路径
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR548/SRR5483090/
可见ftp构成:
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/S奥迪Q3福特Explorer/+SEvoque揽胜+登入号前三位数字(548)+/S大切诺基LAND+完整登录号(5483089)
踏入就能够以知道到FTP文件,能够直接下载或然经过复制链接用wget 下载

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